Fue fundado en 2003 mediante la colaboración de varios clubes locales: Barrio Obrero, Centenario, Deportivo América, Estudiantil, Independiente, Juventud Unida, Olímpico y Paysandú Wanderers.

Participó de la Segunda División Profesional desde el año de su fundación hasta 2004, año en que obtendría el ascenso a Primera División. Ese año, el Paysandú Bella Vista había obtenido deportivamente el ascenso correspondiente a los equipos del interior, pero no pudo participar de la máxima categoría debido a inconvenientes económicos que arrastraba, por lo cual su plaza fue ocupada por Paysandú F.C., que era el club no-montevideano que lo seguía en la clasificación.

Nuestro club siempre tendrá el recuerdo de Juan Ramón Silvera quien fuera parte importante en la vuelta del club al profesionalismo, fue nuestro entrenador durante la temporada 2025 que quedara en el mejor recuerdo del club, Campeón torneo apertura, Campeón torneo clausura y Campeón Uruguayo invicto por culminar en el primer lugar de la tabla anual.

Juan Ramón Silvera “Nuestros jugadores juegan para la gente, los timoratos no hacen historias, Paysandú tiene un gran equipo representativo y competitivo en el futbol AUF